Para criar tranparências no GIMP você precisa trabalhar com imagens PNG ou GIF e na camada background (veja o diálogo de camadas, no menu diálogos->camadas. Brinque um pouco com seus controles de criar nova, duplicar, mover pra cima, pra baixo, para entender como funcionam as camadas), a camada responsável pela transparência. No diálogo de camadas, clique na representação dessa camada (a mais abaixo de todas) com o botão direito do mouse. No menu de contexto que aparece, selecione "adicionar canal alfa". Esse canal alfa funciona para todos os efeitos como uma "quarta cor", que contém a informação de transparência.

Feito isso, basta selecionar a cor que deseja remover da imagem. Use cores->cor para alfa,e nesse diálogo escolha a cor que deseja remover. Basta salvar a imagem. (Para gif, escolha combinar imagem, e não "animação" no diálogo de salvar como .gif)

Key Wodrs: PNG. GIF, GIMP, LINUX, transparência